Hola José
Bueno aca en Perú sobre el plan de vacunación en cuyes o cobayos mascotas practicamente no hay. Las enfermedades mas prevalentes en cuyes son Salmonelosis, Neumonias, Pododermatisis, Dermitis por acaro y hongos, colibacilosis entre otros . En cuyes para granja (producción de carne) estan vacunando contra enterotoxemia pero la vacuna es de otra especie animal (no hay una vacuna especifica para la especie animal).
En cuanto a la desparasitación puedes usar sulfaquinoxalina (para coccidios) para el destete .......también en zonas donde existe Fasciola hepatica puedes usar Tricabendazol... para ascaris y parasitos externos puedes usar ivermectina. La desparasitación varia de acuerdo a las especies de parásitos que prevalecen en la zona donde te ubiques y de ahi se hace tu plan de desparasitación.
Saludos