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Hola Julio,
En realidad, esto puede deberse a varias razones pero el concepto principal que debe quedar claro y que tiene que ver con las leyes del aprendizaje es que todo comportamiento que tiene resultado positivo (reforzamiento positivo) queda, todo comportamiento que no tiene resultado, desaparece (ley de extincion).
Por lo tanto, analizando esta situacion, este tipo de comportamientos usualmente esta reforzado por el dueño, aunque la intervencion no sea positiva, el perro logra captar la atencion (exito).
Usualmente cuando llegan a consutarte por eso, ya intervinieron de diferentes formas y como en todo comportamiento condicionado, el ladrido y el "premio" se dan a la vez, esto es, el dueño interviene con ladrido, aunque sea un castigo, esta a destiempo:

fase apetitiva----> fase consumatoria -----> fase de retorno al equilibrio

Castigo                                                                          Premio

Para que un sistema de premios y castigos funcione correctamente, el castigo debe ser en fase apetitiva y el premio una vez efectuado el comportamiento deseado (fase de retorno al equilibrio) y no se debe premiar un no acto
Aplicar mal esto significa perder la oportunidad de lograr un aprendizaje correcto, como ejemplo el tema de aprender el comportamiento de limpieza en el cachorro. Si los dueños intervienen cuando el perro ya esta orinando o defecando (mucho peor aun si ya termino), el aprendizaje es: dueño + comportamiento = castigo por lo tanto, nunca mas lo realizaran en su presencia, lo que no necesariamente implique que en el lugar correcto, o sea, la gente encontrara el charco sin poder intervenir en fase apetitiva (cuando el animal esta olfateando el sustrato donde orinara o defecara) y en ese momento llevarlo al lugar que corresponde que aprenda.
En el caso del ladrido, jamas el perro debe lograr ingresar a la casa por ejemplo cuando esta ladrando, sino cuando no lo esta. Por lo que rapidamente aprenden que es la forma de lograr su objetivo y al ser un comportamiento sumamente molesto no solo para el propietario sino para los vecinos, usualmente alguna vez  el  propietario intervino inadecuadamente para evitarlo.
Vivimos reforzando comportamientos que no deberiamos, en las fobias pasa lo mismo, los intentos del dueño de confortar al perro en la crisis con caricias o tomandolo en sus brazos hace que las manifestaciones fobicas se instauren y se generalicen.
La intolerancia de un perro a permanecer marginado usualmente tiene que ver con trastornos de la comunicacion (trastornos jerarquicos, sociopatias) que cursan con ansiedad (enfermedad de la adaptacion), a veces es necesario medicar y modificar la comunicacion con el grupo para lograr el resultado deseado.
Bueno, perdon por la extension, solo intento explicar como y por que se producen, de esta manera, mas alla del caso concreto del perro afectado, pueden hacer prevencion al explicarle al dueño como funciona el sistema de aprendizajes.
Un saludo
Maria de la Paz